Sejarah berdirinya TPQ Zainun Nafi’ dilandasi atas panggilan hati oleh pendiri lembaga ini agar senantiasa bermanfaat bagi masyarakat, seperti yang disabdakan Rasulullah SAW: “Sebaik-baik manusia adalah yang paling bermanfaat bagi orang lain.” (hadits Riwayat ath-Thabrani, Al- Mu’jam al- Ausath)